Primjena softvera za upravljanje poslovnim procesima može biti kompleksan i uvjek zahtijeva pažljivo planiranje. Proučavanje i prilagodba postojećih poslovnih procesa, obuka zaposlenika i integracija s drugim sustavima u poduzeću mogu predstavljati problem. Zaposlenici i menadžment ponekad mogu osjetiti otpor prema promjenama u načinu obavljanja poslovnih procesa. Razumijevanje i prihvaćanje novog načina rada ključno je za uspješnu implementaciju bilo kojeg novog softvera. Početni troškovi implementacije softvera, uključujući samu nabavu softvera, prilagodbu, obuku i održavanje, mogu biti visoki stoga je veoma važno unaprijed procijeniti troškove i prednosti kako bi se osigurala održivost investicije.