Svjetlosna mikroskopija koristi svjetlo za prikaz objekata. Ima ograničenu razlučivost koja ovisi o lećama koje koristimo. Nužno je imati neki izvor svijetlosti, koji može biti prirodno svijetlo (sunce) ili umjetno (svijetiljka). Mogu se promatrati samo čestice koje propuštaju svijetlost.
Elektronska mikroskopija, s druge strane, koristi snop elektrona, kako je kolega rekao. To omogućuje veću razlučivost i sposobnost promatranja manjih struktura u stanici koje svjetlosni mikroskop ne može razdvojiti u slici kao npr. organele. Međutim, uzorci moraju biti pripremljeni podvrgnuti vakuumu, što znači da se ne mogu promatrati živi uzorci, što možemo u slučaju svjetlosne mikroskopije.