S obzirom na trenutnu situaciju u doba bolesti COVID-19, letovi Croatia Airlinesa lete na manji broj destinacija. Posljednja destinacija njihovih letova ovisi i o lokaciji zračne luke odakle avion polijeće. Slijede destinacije na koje leti Croatia Airlines, kategorizirane prema lokaciji zračne luke polaska te s posebnom naznakom destinacija domaćeg prijevoza putnika.
- Zagreb - Bol, Pula, Zadar, Dubrovnik, Split (domaći prijevoz); Amsterdam, Bruxelles, Kopenhagen, München, Rim, Skoplje, Beč, Frankfurt, London, Pariz, Sarajevo i Zürich
- Split - Osijek, Zagreb (domaći prijevoz); Beč, Düsseldorf, London, München, Rim, Berlin, Frankfurt, Lyon, Pariz i Zürich
- Dubrovnik - Osijek, Zagreb (domaći prijevoz); Frankfurt, Rim
- Osijek - Dubrovnik, Split (domaći prijevoz)
- Pula - Zadar, Zagreb (domaći prijevoz)
- Zadar - Pula, Zagreb (domaći prijevoz)
- Rijeka - München
Što se tiče domaćeg prijevoza, avioni Croatia Airlinesa najčešće lete za Zagreb. Što se tiče međunarodnog prometa, njihovi avioni trenutno najčešće lete za München, Rim, Frankfurt, Beč, London, Pariz i Zürich.
