Razlog za to krije se u načinu na koji naš mozak obrađuje osjetne podražaje. Kad nas netko drugi krene škakljati naš mozak registrira neočekivane dodire te tako reagira na njih, no kad pokušamo po škakljivim dijelovima tijela dirati sami sebe - malo je teže izvesti da to bude neočekivano. S obzirom da naš mozak koordinira same te pokrete on je unaprijed pripremljen na dodir pa dolazi do suzbijanja reakcije.
Glavni krivac za to je mali mozak (tzv. cerebellum) koji kontrolira pokrete i predviđa senzorne posljedice radnji koje mi sami izvodimo. On to škakljanje prepoznaje, uočava da dolazi od nas samih te odmah kalkulira senzorne posljedice naših radnji.
Kada nas netko drugi škaklja, mozak registrira neočekivane dodire i reagira na njih. No, kada pokušamo sami sebe poškakljati i umanjuje njihov učinak.
Međutim, prije je pravilo da gotovo nitko ne može poškakljati sam sebe. Ljudi sa stanjima poput šizofrenije ponekad mogu poškakljati sami sebe jer njihov mozak ne predviđa vlastite pokrete na uobičajen način.
Znanstvenici su proveli i istraživanje o škakljanju s obzirom da još uvijek ne znamo zašto dodir može biti škakljiv, niti što se događa u mozgu. Također ne znamo zašto su neki ljudi, kao i dijelovi tijela, škakljiviji od drugih. Među nalazima su između ostalog naveli i da je veću otpornost na škakljanje moguće postići upravo ako škakljamo sami sebe.