I jedna i druga spadaju u načine, odnosno tehnike skrivanja informacija, s tim da funkcionišu na drugačiji način. Tako se pod pojmom steganografije podrazumeva skrivanje poruka, odnosno informacija, ali tako da za taj način komunikacije znaju samo prijemna i predajna strana. Razlog za to je što se u slučaju steganografije poruke skrivaju tako što se prerušavaju u okviru neke slike, filma ili teksta, a koji se ne mogu dovesti u vezu sa porukom koju prenose. U tom smislu je steganografija bolja od kriptografije, jer skrivene poruke ne upadaju u oči.
Sa druge strane, kriptografija je bukvalno šifrovanje, kako bi se očuvala tajnost određenih podataka. Pod šifrovanjem se bukvalno podrazumeva transformisanje originalne informacije, to jest takozvanog otvorenog teksta u šifrat, to jest šifrovane podatke.
Kriptografijom se, praktično štite samo poruke, odnosno informacije, dok se steganografijom štite i poruke, ali i strane koje komuniciraju.
