Neki od najpoznatijih i najkorištenijih aplikacijskih protokola su:
HTTP (engl. Hyper Text Transfer Protocol) --> protokol za razmjenu sadržaja web-stranica
FTP (engl. File Transfer Protocol) --> protokol za preuzimanje i postavljanje datoteka na poslužitelj
SMTP (engl. Simple Mail Transfer Protocol) --> protokol za slanje elektroničke pošte
POP (engl. Post Office Protocol) --> protokol za primanje elektroničke pošte
IMAP (engl. Internet Message Access Protocol) --> napredniji protokol za primanje elektroničke pošte
DNS (engl. Domain Name System) --> protokol namijenjen za doznavanje IP adrese iz imena računala i obrnuto
DHCP (engl. Dynamic Host Configuration Protocol) --> protokol za dinamičku konfiguraciju klijenata na mrežama zasnovanim na protokolu IP
SSH --> protokol namijenjen za sigurno povezivanje na udaljeni uređaj/računalo te izvršavanje naredbi i funkcija preko mreže
BitTorrent i Gnutella --> protokoli za razmjenu datoteka u P2P mrežama.
